そして圧倒的に多いのが①と②のパターンです。
抽出によって選ばれる②のいわゆる定期監督の場合は、申告者がいるわけではないので、調査する監督官の性格や調査を受けるこちら側の態度次第で、調査の厳しさの度合いが違ってくることもありますので、調査に協力的な態度をとりながら違反事項があった場合は、素直に是正するくらい気持ちで臨めばよいと思います。
一方、①の従業員等による内部告発（申告監督）の場合は、定期監督とは異なり申告者がいますので、その申告内容に基づき詳細に調査が行われることになります。
また、申告監督の多くは残業代の未払いの請求であることから、結果的に割増賃金等の遡及支払の勧告を受けるということも多くなり、それ相当の覚悟が必要となります。

それでは、実際の調査で労働基準監督官は何を調査するのでしょうか。

以上のことについて、すべてを調査することもあれば、これらの中から抜粋して調査することもあります。
近年は特に長時間労働による過労死が社会問題となっていることから、労働時間に関することと、未払いの残業代の請求が増えていることから、賃金の計算方法・支払状況については、かなり重点的に調査されると考えて間違いありません。
いまからでも遅くはありませんので、労働時間と賃金の支払状況を中心に労務管理について、再度点検し、監督官がいつやってきても安心して対応できるよう整備してゆくことが肝要だと思います。